Odredjivanje N-terminalnog kraja proteina

Za određivanje N-terminalnog kraja polipeptida, odnosno za određivanje aminokiseline na strani NH2 kraja proteina ili poplipeptida često se koristi 2,4-dinitrofluorbenzen. Ovo jedinjenje ima na svom aromatičnom prstenu atom fluora, koji se u reakcijama nukleofilne supstitucije ponaša kao odlazeća grupa, dok sa druge strane amino grupa iz polipeptida predstavlja dobar nukleofil. Ove dve činjenice predstavljaju potrebne uslove da se desi reakcija nukleofilne supstitucije u kojoj atom azota iz polipeptida menja atom fluora na sp3 hibridizovanom atomu ugljenika. Ova reakcija predstavlja i prvu od dve faze metoda za određivanje N-terminalne aminokiseline.

U drugoj fazi, u kiseloj sredini se hidrolizuje polipeptidni lanac do aminokiselina iz kojih je sastavljen. N-terminalna aminokiselina koju određujemo se sada nalazi vezana na aromatični prsten i nekom od pogodnih metoda (hromatografski, spektroskopski...)se vrši njena karakterizacija-određuje se koja je kiselina u pitanju.

Nukleofilna supstitucija iz prve faze reakcije ne bi bila moguća da nije dve nitro grupe u molekulu 2,4-dinitrofluorbenzena. Naime sam benzenov prsten nije dobar supstrat za reakcije nukleofilne supstitucije jer su njegovi supstituenti (u ovom slučaju fluor) koji su inače dobre odlazeće grupe, čvrsto vezani za sp2 hibridizovani atom ugljenika iz benzenovog prstena i odgovarajući ugljenikov atom je nedovoljno elektropozitivan za nukleofilnu supstituciju. Elektronprivlačne grupe kao što je nitro grupa, privlačeći elektone iz prstena čine C-atom koji spominjemo elektropozitivnijim i podložnijim nukleofilnoj supstituciji.